Filière Écosystèmes microbiens

Un tissu d’entreprises impliquées

Une recherche interdisciplinaire de pointe

Des formations ciblées

Agroécologie en BFC :
des atouts indéniables pour une production durable

• Des exploitations engagées dans des pratiques régénératrices (agriculture de conservation, agroforesterie, biodiversité cultivée…),
• Une valorisation des productions locales à travers des circuits courts,
• Un accompagnement structuré par les acteurs institutionnels et les pôles de recherche (INRAE, chambres d’agriculture, établissements d’enseignement agricole…),
• Une dynamique forte autour des labels bio et des signes de qualité (AOP, IGP, Label Rouge).

L’agroécologie et les microbes (micro-organismes) sont intimement liés, car ces derniers jouent un rôle fondamental dans la santé des sols, la nutrition des plantes et la résilience des écosystèmes agricoles.

Voici comment ces deux concepts sont connectés :

• Microbes et Fertilité des Sols 
  Les bactéries et champignons décomposent la matière organique et libèrent des nutriments essentiels (azote, phosphore, potassium). Les mycorhizes (champignons symbiotiques) améliorent l’absorption des minéraux par les racines des plantes. Certaines bactéries (ex : Rhizobium) fixent l’azote atmosphérique, réduisant ainsi le besoin d’engrais chimiques.
• Protection Naturelle des Cultures
  Les microbes bénéfiques (ex : Bacillus subtilis, Trichoderma) aident à lutter contre les maladies en inhibant les pathogènes. Certaines bactéries produisent des substances antifongiques ou stimulent les défenses naturelles des plantes.
• Dégradation des Polluants et Écologie du Sol
  Des micro-organismes du sol aident à la biodégradation des pesticides et polluants. Ils participent au cycle du carbone, réduisant l’empreinte écologique de l’agriculture.
• Production Agricole et Microbiome des Plantes
  L’agroécologie favorise des pratiques comme le compostage et les cultures associées, qui enrichissent la diversité microbienne. Un microbiome riche et diversifié renforce la résilience des cultures face aux stress environnementaux (sécheresse, maladies).

Fermentation en BFC :
une valorisation des ressources agricoles

La fermentation joue un rôle central dans l’industrie des protéines alternatives, offrant des solutions innovantes pour produire des aliments végétaux, et des ingrédients fonctionnels. Elle permet de transformer des micro-organismes en sources de protéines, en arômes, en enzymes et en graisses, tout en améliorant le goût, la texture et la valeur nutritionnelle des produits.

• Prolonger la conservation des aliments sans recours aux additifs chimiques,
• Valoriser des productions agricoles locales en leur apportant une plus-value (fromages AOP, vins, bières, pains au levain…),
• Améliorer les qualités nutritionnelles et gustatives des produits,
• Valoriser les déchets et co-produits,
• Réduire le gaspillage alimentaire en transformant les surplus de production.

Différents types de fermentation

En combinant fermentation traditionnelle, biomasse et précision, il est possible de créer des produits hybrides alliant goût, texture, nutrition et durabilité. Ces technologies ouvrent la voie à des alternatives alimentaires plus réalistes, saines et respectueuses de l’environnement, faisant de la fermentation un pilier essentiel de la transition alimentaire.

Les centres de recherche en Bourgogne-Franche-Comté

Les organismes techniques et plateformes

Côté Agroécologie

Côté Fermentation

Vitagora

Pôle de compétitivité dédié à la filière agroalimentaire ainsi qu’aux offreurs de solutions transverses, Vitagora a pour mission de favoriser le développement, la performance industrielle, et l’innovation de ses membres.

Agronov

Cluster dédié à l’innovation en agroécologie, accompagne les entreprises et start-ups dans le développement de solutions agricoles durables

• Ferments du Futur : programme national visant à accélérer l’innovation autour des ferments et des microbiotes, avec la contribution d’entreprises et laboratoires régionaux

Acteurs régionaux impliqués : INRAE, Institut Agro, Vitagora, Université Bourgogne Europe, CNRS, Supmicrotech-ENSMM, Université Marie et Louis Pasteur, UTBM, Bel, Eurogerm, Fungu’it, Med Food Lab, …

• FERMACO : Fermentation et innovation en Alimentation / Acceptabilité et Perception des consommateurs

Ce projet vise à mieux comprendre comment les consommateurs perçoivent les différents types de fermentation – qu’ils soient liés aux micro-organismes utilisés (lactiques, alcooliques, fongiques, acétiques) ou aux modes de production (artisanaux vs industriels) – et comment ces représentations influencent l’acceptation des produits fermentés.

Projet porté par INRAE, Université Clermont Auvergne,  VetAgroSup, en collaboration avec CNRS  CHU Dijon, Grenoble INP, Université Grenoble Alpes

• SSFSENSORS : Combinaison innovante de capteurs pour le contrôle des hétérogénéités dans les fermentations en milieu solide

Ce procédé fermentaire constitue une approche prometteuse pour améliorer les qualités nutritionnelles des denrées alimentaires ou pour la production de métabolites d’intérêt (vitamines, enzymes, arômes…).

Projet porté par INRAE, Institut Agro,  Université Bourgogne Europe, CNRS, Supmicrotech-ENSMM, Université Marie et Louis Pasteur, UTBM.

• FAIRCHAIN (Horizon 2020) : projet européen soutenant le développement de chaînes alimentaires intermédiaires, entre circuits courts et industrie agroalimentaire, pour renforcer la résilience des systèmes alimentaires régionaux

Acteurs régionaux impliqués : INRAE, ENILEA, Monts & Terroirs, …

• PROMHEALTH : Développement d’un modèle cellulaire permettant la sélection de probiotiques et de ferments sur leur capacité à enrichir les cellules de l’organisme en acides gras oméga-3 bénéfiques pour la santé.

L’alimentation est un des leviers qui contribue à maintenir l’organisme en bonne santé tout au long de la vie. Les lipides, et en particulier les acides gras de la famille oméga-3, sont des nutriments qui jouent un rôle clé dans la protection des tissus nerveux (cerveau et rétine) vis-à-vis du développement de maladies neurodégénératives telle que la dégénérescence maculaire liée à l’âge (DMLA), première cause de malvoyance dans les pays industrialisés chez les personnes de plus de 50 ans.

Projet porté par le CNRS, INRAE, Institut Agro,  Université Bourgogne Europe, en collaboration avec le CHU Dijon

• HARMI (Harnessing Microbiomes for Sustainable Development) : porté par UBFC, est l’un des 15 lauréats de l’appel à projets « ExcellencES » du PIA4

Objectif : mieux comprendre les microbes et leurs interactions avec d’autres organismes vivants afin de mieux les utiliser pour faire face aux problématiques mondiales actuelles.

Budget : 14 millions d’euros

Acteurs impliqués : plus de 250 chercheurs issus de laboratoires universitaires de l’uBE, de l’uMLP, de l’Institut Agro, des organismes nationaux de recherche avec l’INRAE et le CNRS, des CHU de Besançon et de Dijon Bourgogne ainsi que des entreprises locales.

• Projet Nutriferments (2023-2025) : créer une nouvelle offre d’aliments fermentés végétaux à forte valeur ajoutée Nutrition-Santé

• Chaire Fermentation 3T : transmission, transformation, transition (Institut Agro)